視頻 | ADMET Predictor 13.0 新版本重要功能介紹（中英文字幕）
視頻 | ADMET Predictor 13.0 新版本重要功能介紹（中英文字幕）
ADMET Predictor 13: Predict & Build with Confidence
01
視頻概述
本視頻講解了ADMET Predictor版本13.0新功能的要點(diǎn)：HTPK模擬模塊新增了犬、猴物種模型及6個(gè)專屬性質(zhì)預(yù)測(cè)模型，優(yōu)化可視化功能（支持溶解/吸收/生物利用度曲線疊加）并擴(kuò)展參數(shù)敏感性分析范圍；性質(zhì)預(yù)測(cè)模型重構(gòu)水溶性模型（基于4,900個(gè)化合物數(shù)據(jù)），首次應(yīng)用XGBoost算法提升分布容積與大鼠急性毒性模型精度，新增5個(gè)嚙齒類急性毒性模型；功能擴(kuò)展涵蓋AIDD設(shè)計(jì)模塊（集成億級(jí)專利骨架檢索與合成可行性評(píng)分）、原子級(jí)質(zhì)子化狀態(tài)分析及Linux系統(tǒng)全兼容支持。部署方面變更為Reprise授權(quán)系統(tǒng)（支持云端許可），增強(qiáng)API數(shù)據(jù)加密與HTPK實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)映射能力。新版本通過(guò)機(jī)理模擬與機(jī)器學(xué)習(xí)融合（如PK50值分析、Delta模型），實(shí)現(xiàn)從早期化合物設(shè)計(jì)到PK優(yōu)化的全鏈條藥物研發(fā)支持。
02
主講人
David Miller 博士
Simulations Plus公司副總裁，主管化學(xué)信息學(xué)
斯坦福學(xué)士，加州大學(xué)舊金山分校博士
超過(guò)20年化學(xué)信息軟件的編程、開發(fā)與應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)，2005年加入美國(guó)Simulations Plus，帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開發(fā)了ADMET性質(zhì)預(yù)測(cè)軟件、藥物設(shè)計(jì)軟件等，根據(jù)全球制藥企業(yè)、學(xué)術(shù)單位的反饋不斷完善機(jī)器學(xué)習(xí)的方法。
03
課程要點(diǎn)匯總
1. ADMET Predictor核心模塊概述
性質(zhì)預(yù)測(cè)：理化性質(zhì)、轉(zhuǎn)運(yùn)體、代謝、毒性、藥物性肝損傷、ADMET風(fēng)險(xiǎn)系數(shù)。
PBPK模擬（HTPK）：預(yù)測(cè)口服吸收率（%Fa）、生物利用度（%Fb）、藥代參數(shù)（Cmax, Tmax, AUC, CL, T1/2）、血漿濃度-時(shí)間曲線、組織分配系數(shù)（Kps）、參數(shù)敏感性分析。
模型搭建：基于分子/原子描述符，支持回歸/分類模型、不確定性分析及Delta模型。
化學(xué)信息學(xué)：化合物設(shè)計(jì)（AIDD）、3D虛擬篩選、骨架聚類、R基團(tuán)分析、匹配分子對(duì)。
2. ADMET Predictor 13.0 新功能與優(yōu)勢(shì)
2.1 新增的HTPK物種
新增物種：狗（Dog）和猴（Monkey）的生理學(xué)模型。
2.2 對(duì)應(yīng)的新增模型：
dog_fup%（狗血漿蛋白游離分?jǐn)?shù)）
mky_fup%（猴血漿蛋白游離分?jǐn)?shù)）
CYP_DLM_CLint（狗肝微粒體清除率）
CYP_MKYLM_CLint（猴肝微粒體清除率）
HEP_dCLint（狗肝細(xì)胞清除率）
HEP_mkyCLint（猴肝細(xì)胞清除率）
優(yōu)勢(shì)：擴(kuò)展臨床前物種覆蓋，提升跨物種PK預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。
2.3 水溶性模型提升
數(shù)據(jù)基礎(chǔ)：整合Avdeef專著中3,490個(gè)化合物的固有溶解度數(shù)據(jù)，結(jié)合原有數(shù)據(jù)，構(gòu)建包含4,877個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的精選數(shù)據(jù)集。
新模型：S+Sw（純水中固有溶解度）、S+pH_Satd（飽和溶液pH值）、S+S_pH（指定pH下的溶解度）、SolFactor（鹽溶解度因子）、2D/3D版本的固有溶解度模型（S+S_Intrins）（神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)）。
預(yù)測(cè)精度顯著提升（如2D模型R2=0.89，RMSE=0.70 log單位）。
2.4. 熔點(diǎn)模型（S+MP）
數(shù)據(jù)來(lái)源：基于Avdeef專著的3,449個(gè)化合物熔點(diǎn)數(shù)據(jù)。
作用：作為晶體穩(wěn)定性的關(guān)鍵指標(biāo)，顯著提升溶解度模型準(zhǔn)確性。
2.5. 模型重訓(xùn)練與新增毒性模型
XGBoost優(yōu)化：
重新訓(xùn)練現(xiàn)有模型Vd（分布容積）和Rat_Acute（大鼠急性毒性），提升預(yù)測(cè)性能。
新增嚙齒類急性毒性模型：
覆蓋小鼠、兔、豚鼠口服毒性、兔皮膚毒性、大鼠吸入毒性。
數(shù)據(jù)源：EPA ToxValDB 9.4數(shù)據(jù)庫(kù)。
Delta模型應(yīng)用：通過(guò)誤差校正提升跨物種毒性預(yù)測(cè)（如豚鼠→大鼠）。
2.6 圖形界面（GUI）增強(qiáng)
S+pK50列：顯示酸/堿基團(tuán)質(zhì)子化中點(diǎn)值（pK50），反映真實(shí)酸堿性。
原子級(jí)質(zhì)子化可視化：生成分子在指定pH下的質(zhì)子化狀態(tài)圖像。
外部腳本調(diào)用：支持Python/R等腳本集成，靈活擴(kuò)展分析流程。
2.7 人工智能驅(qū)動(dòng)的藥物設(shè)計(jì)（AIDD）升級(jí)
新穎性（Novelty）：基于690萬(wàn)專利骨架數(shù)據(jù)庫(kù)（ECFP6+FAISS索引），最小化相似性以促進(jìn)創(chuàng)新。
合成可行性（Synthetic Feasibility）：替換舊模型，基于AIZynthFinder數(shù)據(jù)訓(xùn)練（>40萬(wàn)化合物），更準(zhǔn)確評(píng)估合成難度。
3D相似性增強(qiáng)：支持排除體積特征（excluded-volume）的3D藥效團(tuán)搜索。
可保存Top-N對(duì)齊結(jié)構(gòu)，提升虛擬篩選效率。
2.8. 命令行與REST API增強(qiáng)
Linux支持圖像生成：兼容Ubuntu/RHEL系統(tǒng)（需Qt庫(kù)）。
新工作流：HTPK參數(shù)敏感性分析（批量處理）、pKa實(shí)驗(yàn)值與預(yù)測(cè)值匹配（GUI同等功能）、新增-cpt+參數(shù)：輸出溶解/吸收/生物利用度曲線。
REST API優(yōu)化：支持按模塊名預(yù)測(cè)性質(zhì)（如"PCB"或"MET"）、新增/deletejobfiles接口清理任務(wù)文件。
2.9. License系統(tǒng)的更新
Reprise許可系統(tǒng)：替換Flexera，支持云許可，無(wú)需本地服務(wù)器；v12/v13共用許可。
2.10 新增Linux安裝包
提供Ubuntu 及RHEL 8/9專用安裝包。
04
視頻回放
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